Aus allen Rohmilchproben wird die bakterielle DNA durch ein optimiertes Protokoll extrahiert und mittels next-generation-sequencing (NGS) der 16S-rRNA Gene analysiert (siehe Abbildung 1). Die Mikrobiomdaten der ersten 282 süddeutschen Rohmilchproben wurden in Hinblick auf die quantitative Verteilung einzelner Keimgruppen untersucht, um den Status quo der Zusammensetzung abzubilden. Für jede Probe wurde die sequenzierte, relative Abundanz aller Gattungen mit den absoluten Zellzahlen des BactoCountTM verrechnet. Die größte Streubreite wurde für Pseudomonas spp. und Acinetobacter spp. ermittelt, deren Keimzahlen von <10 bis >107 Zellen/ml lagen. Im Median hohe Werte wiesen mit ca. 104 Zellen/ml Corynebacterium spp. auf, die zur originären Euterflora zählen. Insgesamt eine breite Streuung (<102 bis >106 Zellen/ml) wurde bisher auch für die Streptokokken ermittelt, die bei der konventionellen Milch im Schnitt etwas stärker vertreten waren als die Staphylokokken. Mit einem Median von <100 Zellen/ml zeigten die Enterobakterien weitestgehend geringe Keimzahlen.
Bei der Entwicklung der diagnostischen Module diente ein Cocktail aus fünf für die Rohmilchqualität relevanten Vertretern der Gattung Pseudomonas als Antigen bei der Immunisierung von Mäusen. Nach positiver Testung der Mausseren und anschließender Fusion konnten unabhängige Zelllinien etabliert werden, die entweder gattungsspezifische Antikörper oder speziesspezifische Antikörper gegen P. proteolytica produzieren. Positive Tests im ELISA Format ließen sich teilweise bereits in der Durchflusszytometrie dotierter Milchproben bestätigen. Hierfür wurde ein Protokoll für die Zellkultur, die Aufreinigung der Antikörper und ihre Konjugation mit verschiedenen Fluoreszenzfarbstoffen entwickelt.
Im Projektverlauf konnte die Rezeptur für ein Agar-Medium entwickelt werden, das den Mastitis-Erregern Streptococcus uberis, S. agalactiae und S. dysgalactiae optimale Wachstumsbedingungen bietet. Aufgrund der Kenntnis über definierte Enzymaktivitäten der Spezies ist es darüber hinaus gelungen, durch charakteristische Koloniefärbung eine optische Differenzierung untereinander zu erzielen.