Fructilactobacillus sanfranciscensis ist ein Schlüsselorganismus in Typ-1-Sauerteigfermentationen. Verschiedene Stämme von F. sanfranciscensis wurden aus unterschiedlichen Sauerteigfermentationen isoliert. Um diese voneinander zu unterscheiden, wurde ein stammspezifisches Nachweissystem etabliert. Dafür wurde die CRISPR-Locus-Length-Heterogenity (CLLH) PCR entwickelt, welche die stammspezifische Länge des CRISPR-Locus detektiert. Somit konnten spezifische Stämme in einer Sauerteigfermentation nachgewiesen werden.
Für die Sauerteigfermentation wurden verschiedene Stammkombinationen von F. sanfranciscensis aufgrund ihrer genetischen und physiologischen Eigenschaften ausgewählt. Diese Stammkombinationen von F. sanfranciscensis wurden jeweils mit den Hefen Kasachstania humilis, Saccharomyces cerevisiae oder keiner Hefe als Starter für eine Roggensauerteigfermentation eingesetzt. Dabei zeigte sich, dass die eingesetzten Stämme aufgrund ihrer Verhaltensweisen in drei verschiedene Gruppen eingeteilt werden konnten. Gruppe a) konnte sich unabhängig von den eingesetzten Hefen immer nach 10 Tagen Fermentation durchsetzen. Gruppe b) waren Stämme, deren Durchsetzung hefeabhängig war und Gruppe c) waren Stämme, die sich nie in einer Sauerteigfermentation gegen die anderen F. sanfranciscensis Stämme durchsetzen konnten.
Folgende stabile mikrobielle Konsortien in Roggensauerteigfermentationen konnten identifiziert werden. Die Hefe K. humilis TMW3.1034 und F. sanfranciscensis TMW 1.392 sowie die Hefe S. cerevisiae TMW3.1064 und F. sanfranciscensis TMW 1.907 erwiesen sich als stabile Konsortien in Sauerteigfermentationen. Zusätzlich waren die Stämme aus Gruppe a) stabil in den Sauerteigfermentationen unabhängig von der eingesetzten Hefe.
Zusätzlich wurde die Säurestresstoleranz von S. cerevisiae untersucht. Dabei wurden Hefestämme, die aus einem Sauerteig isoliert wurden, mit der Referenzhefe Saccharomyces cerevisiae Meyen ex E.C. Hansen ATCC® 204508™ verglichen. Dabei zeigte sich, dass die S. cerevisiae Isolate aus Sauerteig eine höhere Lactat- und Acetattoleranz aufwiesen.